Kerajaan Islam Mempawah memiliki hubungan erat dengan kerajaan-kerajaan Islam di Sulawesi Selatan. Termasuk dengan Yang Dipertuan Muda di Kesultanan Riau.

Adapun Masjid Jami’atul Khair dibangun pada tangggal 8 Dzulhijjah 1324 H atau tepatnya pada tanggal 23 Desember 1906 M oleh Panembahan Mempawah, yakni Gusti Muhammad Taufiq Aqamaddin.

Sebelum masjid ini dibangun, telah ada dua buah masjid di Kampung Siantan dan Kampung Brunai. Kini masjid ini digunakan sebagai tempat makam Raja Mempawah.

Sedangkan, pembangunannya dilakukan pada masa Panembahan Gusti Amir yang bergelar Adinata Krama Umar Kamaruddin dan Panembahan Mahmud. Sehingga, masjid yang sekarang terlihat adalah masjid ketiga yang didirikan Kesultanan Mempawah. Keberadaan masjid yang tidak terpisahkan dari keraton ini, mengikuti perkembangan akhir telah menjadi bagian objek wisata, baik dari mancanegara maupun domestik.

Dan, yang unik lagi dari masjid ini hingga sekarang adalah soal kepengurusannya yang sejak awal ditata dengan komposisi: 20 orang jumlah pengurus melambangkan 20 sifat Allah SWT.

Pengurus inti terdiri atas enam orang yang melambangkan rukun iman yang enam. Kemudian, ada lima bidang yang melambangkan rukun Islam, serta 13 personalia pembantu sidang yang melambangkan rukun shalat.